自1998年粮改以来，一直存在中央储备与地方储备双轨运行的做法。中储粮公司所管理中央储备粮食的所有权和支配权在国务院，属于国家资源，中储粮公司只是代储、代管和代收，这是自粮改后国务院明确规定的。

　　中储粮公司是国家最低价收购政策的执行方，同时也是监管方，这也就不难理解各方对中储粮“政企难分”身份的非议。如何在国家政策实施过程中即扮演好“运动员”角色，又能成为合格的“教练”？“需要相关部委的监管与审计，才能确保国家有关粮食最低价收购政策和粮食安全问题的落实”，国务院发展研究中心研究员程国强如是说。

　　程国强指出，国务院实行中央储备粮垂直管理体制运行积累了一定的经验，对新形势下保障我国粮食安全、保持市场和价格基本稳定、促进经济社会又好又快发展具有重要的启示和借鉴意义。

　　中储粮是国资委监管的中央企业之一，实行严格的业绩考核，另外一方面又要承担确保国家粮食安全、确保农民利益、确保粮库有粮的政治任务。如何兼顾与平衡？这是摆在中储粮面前最大的难题。

　　2007年，发改委、国家粮食局、财政部等部委下文要求中储粮公司对最低价收购小麦预案实施负总责，意味着中储粮公司要对全国粮食收购行为进行总体把关与监督，相对于自已也是企业的中储粮公司来讲，一无行政权力、二无约束手段，要监管好同为企业的地方收储库点，无疑是难上加难。

　　一直以来，国家针对中央储备粮食的贴补标准低于地方储备。相对于各地政府实施省长、市长的“粮袋子”负责制，每年省、市粮食直属库由省、市财政直接拨款，除去国家补贴外，省、市政府还会单独拿出部分补贴，使得“地方队”占据“优势”。

　　针对中央粮食与地方粮库的粮食轮换补贴政策，代表中央储备粮的“国家队”明显竞争不过“地方队”。在粮食收购季节，很多产地就会出现比较集中“抢粮”现象，谁手中握有的粮食多，谁就会在市场与财政补贴方面占有主动权。

　　中国农科院农业资源与农业区域研究所尹昌斌认为：“国家实施统一宏观调控，加速建立中央储粮与地方储备粮食体系互为补充的格局，共同为维护粮食市场稳定发挥作用，将会是下一步粮食改革的方向。”

　　程国强则认为，要健全国家粮食储备体系，优化粮食库存结构。加快建立灵活高效的中央储备粮吞吐轮换机制，有效衔接安全储粮、储备轮换与调节市场。提高统筹利用国际国内两个市场、两种资源的能力，建立基于全球视野的国家粮食安全保障机制。深入实施农业“走出去”战略，鼓励各类企业在境外投资农产品加工、仓储物流、国际贸易，构建持续、稳定、安全的农产品进口渠道，建立全球农产品进口供应链。

　　“而对于国有粮食企业来说，最大的难题恐怕还是作为自主经营、自负盈亏的市场经济主体与承担国家政策性任务之间的矛盾。”国务院国资委研究中心新产业研究部部长李怡群总结到。

　　李怡群指出：“一肩担着国有资产保值增值的重担，另一肩还要扛起国家宏观调控的职责。这种集双重属性于一身的特点，不仅给企业的经营决策出了道难题，也为监管部门的考核提出了挑战。尽管在实践中监管部门的考核已对此有所考虑，但并未从根本上解决企业追求利润与承担公共职能相冲突的问题，而这则有可能成为导致这些国有粮食巨头间无序竞争的潜在因素。”