近年来，国企附属医院因受制于原有僵化的管理经营体制和投入不足而生存艰难，一方面要面对公立医院的竞争，另一方面要与民营医院争夺市场，经营陷入困境的不在少数。
事实上，在国有企业改革的大背景下，国企医院的改革早于十多年前就已经展开，而且模式多样。在上海、广州等经济较为发达的地区，部分企业医院被整体移交给地方政府接管，如上海一纺、二纺医院等，这些由政府接管的企业医院，被纳入所在区域卫生医疗机构，与政府所办公立医院同等待遇。另一种情况是由地方政府托管，纳入区域卫生计划，实行行业管理，由企业移交时补贴三到五年的费用，但未被列入事业单位，而是实行自收自支管理，政府只在专项费用如公共卫生、社区服务、突发事件等方面予以补助。铁路部门下属的职工医院改制就是实行这种模式。第三种情况是由企业医院引入社会资本，原企业投资比例减小，3－5年后逐步退出。这种模式多见于一些技术力量雄厚、级别较高、有较好医疗市场的企业医院，由医学院改编成附属医院，或由一些医疗投资集团合并，如北京铁路总医院等。
还有一些大型国有企业所属的总医院和所属企业的一、二级医院等，通过利用自身优势组建医疗集团，打造超级“航母”，独立在医疗市场中竞争、发展、壮大，这些医疗集团有一定的抗风险能力、有自我生存和发展能力。大庆医疗集团、首钢医疗集团等就是比较典型的例子。所有权与经营权分离的“托管”模式近几年也比较流行，这种模式一方面能使管理方和被管理方更好地合作，也很受政府和企业欢迎。比如中美华医投资管理有限公司曾托管隶属于成都中铁二局的中心医院3年。而南京港口医院则由台湾明基公司托管二十年，被称为成功的“明基模式”。
中石化系统的安庆石化医院及宝鸡油田职工医院等，则实行了股份制改造，把企业医院组建为独立核算、自主经营、自负盈亏、自我约束和自我发展的独立法人实体。这种模式企业控股，内部职工持股，部分引入社会资金入股，管理层持股，医院实行股份合作制的管理模式，企业将逐步退出，职工处于控股地位。
尽管改革模式多样，但实际上还有大量的国有企业医院并未启动改革，而是在现有的市场夹缝中挣扎。十八届三中全会以后，卫计委关于实施企业医院改制的相关调研已经展开。2013年末，卫计委体改司曾向地方下发过关于填报国有企业医院信息调查表的函，要求各地方，开展国有企业所办医院相关情况调查，并填写国有企业医院调查表。调查表还特别注明，对于已经改革的医院，需要填写改革方式、资产评估、在职人员和离退休人员的安置等方面的信息，以及改革前后三年医院的运营状况。
中共十八届三中全会决定和国务院关于健康服务业意见中，都明确提出了社会资本可以参与公立医院改制，这一重大的政策明确很快引起了资本投资医疗产业的热潮，但由于公立医院改革尚在探索阶段，社会资本参与企业医院仍有较多问题需要明确。
有业内人士指出，目前社会资本办医完主要是新建医院，面临投资太大、周期过长以及医疗人才、医疗资质等资源难以取得的压力，而参与公立医院改制，便可以帮助社会资本办医有效地克服障碍。正是鉴于这一现状，有专家认为，公立医院改革应该使一部分由政府继续主导、一部分由市场调节，形成社会力量和政府力量各自发挥优势，取长补短的局面。这次企业医院改之所以制备受关注，就是因为它为社会资本进入健康服务业提供了重要渠道。目前，凤凰、华润等国内较大的医疗集团都曾经参与企业医院的改制，而凤凰医疗集团在参与一系列医院改制、托管之后已成功在香港上市。
按照既有的医改信息，目前相关部门已形成比较清晰的思路，其中包括公立医院的改制以及国有企业所办医院的改制两大方向。国家卫计委体制改革司司长、国务院医改办专职副主任梁万年表示，通过先行先试的摸索，在所在区域范围之内结合当地群众需求，社会经济发展水平，以及具体情况来进行不同形式的探索，总结经验。梁万年同时也强调，要规范改制程序，切实保障国有资产和职工合法权益，要加强改制后的监管和引导工作，而不是“一卖了之”。
尽管相对于整体的公立医院改革而言，国企医院改革比较容易入手，但这并不意味着国企医院的改革本身就没有困难，就像多年来进行的大型国企改革一样，其中的利益取舍将牵动各个方面。有专家认为，从医疗的社会职能来看，公立医院的改革并不是纯粹经济改革，其公益性也要得到突出的体现。在国企医院改革的政策起草上，同样要注意避免与合作者的法律纠纷、避免模糊资产或产权归属、避免形成难度很大的管理压力和经济负担，以及形成完善的顶层设计、有效管控机制和预案，避免市场格局的失控。
从改革的预期效果而言，国企医院改革对这些医疗机构本身和企业职工都是好事，但国企医院原本所承担的责任是否应该解除，也是争论的焦点之一，比如，煤炭总医院有相关职业病鉴定和煤矿抢险救治的任务，首都机场医院会负责首都机场公共卫生的应急处理工作。
北京大学法学院教授孙东东认为，国企办医院改制应当因地制宜，承担企业和行业特殊任务的医院需要继续保留一些职能，规模小的医院可以转为社区卫生服务中心，担负周边群众常见病、多发病的复诊和健康管理，规模大的医院可以采取与大医院联合办医的形式进行改革，让大医院带动国企办医院的改制，特色鲜明的医院也可以经过评估之后改制成为民营医院，来继续发挥自身特色。
4月9日，国家发改委、卫计委、人社部公布放开非公立医疗机构医疗服务价格、鼓励社会办医的一揽子政策措施——《关于非公立医疗机构医疗服务实行市场调节价有关问题的通知》。对非公立医疗机构医疗服务实行市场调节价，同时加强监督，研究制定价格行为规范。
通知要求，今年6月底前，县级以上地方卫生计生行政部门应根据审批权限，向社会发布辖区内公立医疗机构名录，并依据公立医疗机构开业、更名、停业等变化情况及时进行调整，名录之外所有医疗机构均为非公立医疗机构，其提供的所有医疗服务价格实行市场调节。
发改委要求，各地要督促落实这项政策，不得以任何方式对非公立医疗机构医疗服务价格进行不当干预。同时非公立医疗机构服务价格也不能违法违规，各地要研究制定价格行为规范，督促医疗机构建立健全内部价格管理制度。
通知要求，相关医疗机构应按照公平、合法和诚实信用的原则合理制定价格，并保持一定时期内价格水平相对稳定；要按规定执行明码标价和医药费用明细清单制度，通过多种方式向患者公示医疗服务和药品价格，自觉接受社会监督。一旦发生价格违法，将依法严肃处理。
发改委表示，鼓励非公立医疗机构积极探索实行有利于控制费用、公开透明、方便操作的医疗服务收费方式。属于营利性质的非公立医疗机构，可自行设立医疗服务价格项目；属于非营利性质的非公立医疗机构，应按照《全国医疗服务价格项目规范》设立服务项目。
此外，通知还规定要建立医疗保险经办机构与定点非公立医疗机构的谈判机制。凡符合医保定点相关规定的非公立医疗机构，应按程序将其纳入职工基本医保、城镇居民医保、新农合、工伤保险、生育保险等社保定点服务范围，并执行与公立医院相同的支付政策。
医疗保险经办机构应按照医保付费方式改革的要求，与定点非公立医疗机构通过谈判确定具体付费方式和标准，提高基金使用效率。[详细]
创新体制机制，建立有序的医疗服务体系。坚持公有制为主体、多种所有制并存、多元化办医的格局，按照“社会共有、专业管理、政府监管”的策略创新体制机制，形成不同属性公立医院分类改革的思路，改革计划经济时期“国有政办”单一模式，探索“国有政办”“国有公营”“国有民营”和“民有民办”等多种实现形式。明确不同层级医疗机构的职能定位，建立联合联动、分工协作的运行机制和基层首诊、分级诊疗、双向转诊的就医秩序，真正实现“小病在社区、大病在医院、康复回社区”。
破除“以药补医”机制，建立可持续的补偿机制。可持续的补偿机制是公立医院实现公益性目标的关键。当前，破除“以药补医”机制要与完善政府补助政策、理顺医疗服务价格、提高医务人员劳动价格有机统一、配套推进。政府是公立医院的举办主体，更是公益性的责任主体。要合理界定政府举办公立医院的适宜比例，每县（区）至少办好1—2所真正体现政府责任的公益性医院。
改革支付方式，建立科学的医疗支付制度。公立医院改革要与医保体系有效衔接和协同发展。支付制度是公立医院改革的关键环节，也是推动分级诊疗、影响医院和个人行为的最重要因素。在实现医保付费总额控制的同时，加快推进以按人头、按病种付费等为主要内涵的支付方式改革，科学确定付费标准，建立医保机构和医疗机构之间谈判协商机制和风险分担机制，加强医保机构对医疗服务行为的监督和制约。
加强依法行政，建立规范的医疗监管体系。政府对公立医院监管的目的，一是实现政策目标，确保公立医院的可及性和公益性；二是强化管理机制，确保医疗服务中的质量、安全和绩效。要加快医疗卫生和基本健康权益方面的立法，通过法律、行政、财政、税收等手段加强监管。
完善法人治理机制，建立现代医院管理体制。完善公立医院法人治理机制，就是要科学界定政府和公立医院在人事、资产、财务等方面的责权关系，建立决策、执行、监督相互分工、相互制衡的权力运行机制。应建立健全公立医院理事会和监事会制度，探索实行理事会领导下的院长负责制，完善院长选拔任用制度，建立任期目标管理和问责机制；建立适应行业特点的薪酬制度，做到多劳多得、优绩优酬、同工同酬，重点向临床一线、关键岗位、业务骨干和具有突出贡献的人员倾斜；建立现代医院质量管理模式，重点规范医疗行为，保证医疗安全和服务质量，完善用药管理、处方审核制度，加大对异常、高额医疗费用的预警和分析。
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